Amaya заботится о об пробелах в математических выражениях, но в некоторых случаях Вам может понадобиться дополнительное пространство. Переместите курсор в позицию, где Вы хотите вставить пробелы, и выберите Math > Space (mspace) в меню Types. Это создаст горизонтальный пробел по умолчанию. вы можете затем изменить его атрибут width для уточнения его размера или добавить другие атрибуты (height, depth, linebreak) для изменения вертикальных пробелов. См. детали в спецификации MathML.